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合併后的残仙军虽战力不俗，但问题也很明显，两支旧部长期分处两地，编制截然不同，协同作战能力较弱，若不加以整编，一旦遇到强敌，很容易出现配合失误。
更何况，残仙军的修士习惯於游击作战，缺乏大规模协同作战的经验，这与林风未来的战略需求相去甚远。
林风借鑑仙帝传承中的军队管理之法，决定对合併后的残仙军进行全面整编。
他在浮空岛的演武场召集全军，宣布了整编方案：“自今日起，残仙军划分为三大营队，各司其职，协同作战。“
修士们整齐列阵，肃然而立。七百余人虽不算多，但个个目光坚定，气势如虹。晨光从云雾的缝隙中洒落，照在修士们的甲冑上，泛起点点金光。云瑶女帝站在林风身侧，金仙后期的气息不怒自威，让全场修士不敢有丝毫懈怠。
“丹器营由擅长炼丹、炼器的修士组成，负责物资供应与装备改良，由李老暂代统领。“林风看向李老，“你是残仙军的老人了，炼丹虽非你所长，但统筹后勤，你最合適。后勤是一支军队的命脉，没有充足的丹药与法器，再强的战士也只是无根之木。“
李老拱手领命：“属下必不负所托。“
“阵法营挑选对阵法有造诣的修士，专注防御布置与战场控场，由云瑶女帝麾下的阵法大师负责。“林风转向云瑶女帝，“你部中哪位擅长阵法“
云瑶女帝推荐道：“属下麾下有一位名叫陈玄的修士，天仙后期修为，阵法造诣极高，浮空岛的隱匿阵法便是他一手布设，可担此任。“
林风点头：“好，陈玄任阵法营统领。“
“作战营集中所有战力强横的修士，分为先锋队与护卫队。先锋队负责衝锋陷阵，护卫队负责保护核心人物与据点。萧战虽不在，但可远程指挥先锋队；云瑶女帝则亲自统领护卫队。“
云瑶女帝抱拳领命：“属下遵命。“
三大营队的框架確定后，林风亲自製定了详细的训练章程。章程中规定了各营的日常训练內容、考核標准与协同演练流程：
丹器营每日需完成定量的丹药与符籙炼製任务，確保军队物资充足；同时研究新配方、改良法器，提升装备品质。
阵法营每日研习阵法图谱，在训练场地布设各类实战阵法，並与其他营队配合，练习阵法在实战中的运用。
作战营每日进行个人战技训练与团队配合演练，先锋队重点练习衝锋突破与歼灭战术，护卫队重点练习防御阵型与保护战术。
最为关键的是，三大营队每隔五日便进行一次协同演练，模擬实战场景，检验各营的配合默契度。
此外，林风將无杂质丹药的炼製方法传授给丹器营，將低阶阵法图谱传授给阵法营，又亲自指导作战营修士的基础剑意运用。这些来自仙帝传承的知识，对天仙与金仙级的修士而言，无异於醍醐灌顶，让他们的实力在短时间內有了显著提升。
整编后的残仙军，纪律严明，分工明確，作战效率较之前大幅提升。云瑶女帝看著训练场上配合默契的修士们，由衷讚嘆：“陛下的治军之法果然高明，不出半月，这支军队的战力便能更上一层楼。“
林风微微摇头：“还不够。我们的对手是玄冥仙尊，仅有战力提升远远不够，还需要实战检验。“他的目光望向北方，“我已经有了目標。“整编完成后，林风还特別设立了一支“斥候队“，由十名擅长隱匿与探查的修士组成，直属他本人指挥。
斥候队的职责是在战前侦察敌情，战中监控战场变化，为指挥决策提供实时情报。这支队伍虽小，却在日后的战斗中发挥了不可替代的作用。
整编结束后，林风让三大营队进行了第一次联合操演。操演的结果让他基本满意三营虽还不够默契，但至少能按照指令行动，不再像之前那样各自为战。
他看著操演场上整齐列阵的修士们，心中暗想：这还远远不够，想要与玄冥正面抗衡，还需要更多的训练与一场实战的检验。此外，林风还从传承玉简中筛选出一批適合不同修为阶段修炼的功法，分別传授给三大营的修士。